한국학교보건학회는 1987년 8월 21일 학교보건에 관심을 가지고 있던 학계 및 교육행정계 인사 등 13인이 참여한 가운데 서울대학교 보건대학원에서 발기인대회를 개최하였다. 그 후 동년 9월 25일 전국에 있는 학교보건전문가 200인이 회원으로 참석한 가운데 서울팔레스호텔에서 창립총회를 개최하였다.

본 학회는 회장 1인, 부회장 2인, 이사 20인 내외와 감사 2인을 두도록 되어 있다. 회장 임기는 2년(중임 가능)이며, 이사진 구성은 각계 학교보건에 관심을 갖는 다양한 인력의 참여를 위하여 교수, 행정관, 실무자가 두루 포함되도록 하였다.

회원자격은 학교보건분야의 학식과 경험이 있는 자로서 학교보건학계와 학교보건실무자 중 학회의 목적에 동의하는 자로서, 전공영역별로는 간호학, 의학, 영양학, 체육학, 보건학, 교육학, 치의학, 약학, 한의학 및 관련분야 전공 교수 및 교사, 행정직이 포함되어 있다.